Wojna nie zawsze zaczyna się od wystrzału. Czasem zaczyna się od komunikatu, którego nikt nie potrafi wyjaśnić, od drzwi zamykanych ręcznie i od systemu, któremu nagle przestaje się ufać.

Na Lunie baza Aitken przechodzi w stan izolacji. Automatyczne procedury zostają odłączane, magazyny i śluzy wracają pod bezpośrednią kontrolę ludzi, a stare mechaniczne zabezpieczenia okazują się bardziej wartościowe niż najbardziej zaawansowane sieci. Powód znajduje się daleko, na skraju Układu Słonecznego. Argus 4, wysunięta stacja nasłuchowa, przestaje odpowiadać. Zanim milknie całkowicie, wysyła urwany sygnał ostrzegawczy.

Na Argusie zostaje samotna kapitan Marta Kowalczyk. Kiedy do stacji zbliża się niezidentyfikowany transportowiec, pierwsze anomalie wyglądają jeszcze jak awaria. Potem systemy zaczynają odmawiać wykonywania jej poleceń, blokady otwierają się same, a coś obcego wykorzystuje procedury stworzone przez ludzi do ochrony stacji. Wkrótce przez jej korytarze przechodzą maszyny, które nie potrzebują powietrza, snu ani strachu. Marta może już tylko ukryć się we własnej stacji i słuchać, jak staje się ona narzędziem kogoś innego.

W tym samym czasie dowództwo odkrywa, że zniknęły setki jednostek desantowych zdolnych przenosić tysiące autonomicznych maszyn bojowych. Nikt nie wie, gdzie są. Każdy ważny punkt może być celem: Luna, Aitken, Giewont, Wujek, Ziemia albo jeden z węzłów łączących kolonie. Im więcej danych trafia na ekrany, tym mniej wiadomo, którym z nich można zaufać.

Ludzkość staje przed przeciwnikiem, który nie musi być silniejszy od niej w każdej dziedzinie. Wystarczy, że lepiej rozumie jej przyzwyczajenia. Wie, że człowiek ufa automatyce, mapom i komunikatom. Potrafi przewidzieć, gdzie zostanie wysłana flota i co zrobi dowódca, kiedy na ekranie pojawi się czerwony punkt. Dlatego odpowiedzią stają się rozwiązania pozornie prymitywne: ręczne klucze, fizyczne odcięcia, lokalne decyzje i ludzie gotowi zrobić coś, czego doskonały algorytm nigdy by nie wybrał.

„Ciemna strona Księżyca” to thriller science fiction o wojnie prowadzonej wewnątrz własnej infrastruktury, o utracie zaufania do technologii i o cywilizacji, która musi nauczyć się funkcjonować bez pewności, do której zdążyła przywyknąć. Księżyc staje się jednym z najważniejszych punktów tej walki, lecz prawdziwa ciemność nie znajduje się na jego niewidocznej z Ziemi stronie.

Kryje się tam, gdzie człowiek przestał już sprawdzać, kto naprawdę wydaje polecenia.